Eine Besonderheit des Niedersächsischen Wattenmeer-Nationalparks ist, dass sämtliche Küstenlebensräume Niedersachsens einschließlich der Ostfriesischen Inseln, der letzten natürlichen Geestkliffs, der Küstenheiden und Eichenkrattwälder und das Schwimmende Moor Teil des Nationalparks sind. Im Nationalpark Niedersächsisches Wattenmeer werden drei Zonen unterschiedlicher Schutzintensität unterschieden, um den optimalen Schutz von Natur und Landschaft sicher zu stellen und Aktivitäten dahingehend zu regeln, dass von ihnen keine oder nur möglichst geringe negativen Auswirkungen auf das Schutzgebiet ausgehen.
Zusätzlich ist das niedersächsische Wattenmeer Bestandteil des europäischen Schutzgebietsnetzes Natura 2000 und unterliegt damit auch vollständig den Schutzregelungen nach der Vogelschutz- und der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie der EU. Ziel der EU- FFH- Richtlinie ist es, Lebensräume und Arten zu erhalten und ggf. wieder in einen günstigen Erhaltungszustand zu versetzen und vor Eingriffen, die das Gebiet erheblich beeinträchtigen könnten, zu schützen. Im Wattenmeer findet weiterhin die EU-Wasserrahmenrichtlinie Anwendung, die ebenfalls dazu beitragen wird, dass dessen guter ökologischer Zustand erhalten bzw. wiederhergestellt wird.
Das Wattenmeer ist als Feuchtgebiet von internationaler Bedeutung nach dem Ramsar-Übereinkommen sowie als UNESCO-Biosphärenreservat nach dem "Man and Biosphere"-Programm ausgewiesen. Dies stellt eine weitere weltweite Anerkennung der internationalen Bedeutung des angemeldeten Gebiets dar.
Seit den siebziger Jahren arbeiten die drei Wattenmeer-Länder Niederlande, Deutschland und Dänemark zusammen, um das Wattenmeer als ein gemeinsames Ökosystem länderübergreifend zu schützen. Das Leitprinzip der Wattenmeerpolitik und diesbezüglicher Management-Maßnahmen ist es "so weit wie möglich ein natürliches und sich selbst erhaltendes Ökosystem zu erreichen, in dem natürliche Prozesse ungestört ablaufen können". Die Wattenmeerpolitik und die Management-Maßnahmen sind darauf ausgerichtet, die Erhaltung der gesamten Vielfalt der zu einem natürlichen und dynamischen Wattenmeerökosystem gehörenden Habitattypen zu erreichen.
Die Bemühungen zeigen Erfolge. Der Eintrag von Nähr- und Schadstoffen ist in den letzten 10 Jahren erheblich vermindert worden. Die sich aus betrieblichen Einleitungen der Schifffahrt ergebende Verschmutzung wurde nach der Ausweisung der Nordsee einschließlich des Wattenmeeres als spezielles Seegebiet (Special Sea Area) nach dem MARPOL-Übereinkommen, ebenfalls verringert, wobei die Einhaltung der MARPOL- Regelungen durch eine ausgedehnte Überwachung verstärkt wird. Die Sicherheit der Schifffahrt ist durch die Festlegung von Verkehrstrennungsregelungen erheblich verbessert worden und die 2002 erfolgte Ausweisung des Wattenmeeres als besonders empfindliches Meeresgebiet (Particular Sensitive Sea Area, PSSA) durch die Internationale Seeschifffahrtsorganisation (IMO) sorgt mit für eine Fortschreibung der hohen Sicherheitsstandards für den Seeverkehr und auch für eine weitere Sensibilisierung der Schiffsführungen, die die benachbarte Nordsee befahren. Für Schiffsunfälle wurden umfangreiche Notfallpläne einschließlich einer grenzüberschreitenden Zusammenarbeit festgelegt.
Mit dem rechtlichen Schutz und dem Management des Gebietes wird auch angestrebt, dessen landschaftliche Werte, z.B. den weiten, offenen Horizont, zu erhalten. Daher sind Infrastrukturprojekte innerhalb des Gebietes weitgehend verboten. Der Bau von Windkraftanlagen ist im angemeldeten Gebiet vollständig untersagt. Einige Tätigkeiten sind im angemeldeten Wattenmeer gänzlich verboten, z.B. wurde in Niedersachsen die stark systembeeinträchtigende Herzmuschelfischerei kurz nach Einrichtung des Nationalparks vollständig eingestellt. Für die Miesmuschelfischerei regelt in Niedersachsen ein Bewirtschaftungsplan welche Muschelnbänke befischt werden dürfen und welche nicht.
Damit unterliegt der niedersächsische Teil der Weltnaturerbestätte Wattenmeer einem umfassenden Schutz, durch den sichergestellt wird, dass die für die Anerkennung als Weltnaturerbe maßgeblichen Kriterien und die Unversehrtheit des angemeldeten Gebietes auch zukünftig erhalten bleiben.
