Der Schutz der Natur ist die Kernaufgabe des Nationalparks. Das Ziel „Natur Natur sein lassen“, also ein vom Menschen möglichst ungestörter Ablauf der natürlichen Prozesse, steht im Vordergrund.
Das Projekt Nationalpark-Partner steht für die Zusammenarbeit zwischen der Nationalparkverwaltung, Gemeinden, Naturschutzverbänden und Unternehmen der Region, die engen Bezug zum Nationalpark Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer haben.