Die Nationalparks tragen darüber hinaus aber auch eine besondere Verantwortung für zahlreiche teils hoch spezialisierte Arten und deren Lebensräume. Dieser Verpflichtung zum Erhalt der Biodiversität lässt sich aber oft nur mit konkreten Management-Maßnahmen wie spezieller Flächenpflege oder Artenhilfsmaßnahmen nachkommen. Grundsätzlich gilt “Natur Natur sein lassen”. Nur dort, wo bereits äußere Einflüsse die natürliche Entwicklung der Arten und Lebensräume verändert haben, wird behutsam gegengesteuert.
Naturschutz setzt zum einen über den Gebietsschutz an, also beispielsweise die Ausweisung von Nationalparks. Zum anderen wird Natur geschützt über Artenschutz-Maßnahmen wie beispielsweise den Nestschutz von Vögeln, die auf dem Boden brüten. Wichtig ist aber auch die naturverträglichere Gestaltung von vielerlei Natur-Nutzungen. Beispiele dafür sind Fischernetze mit erweiterter Maschengröße oder spätere Mahdtermine für Wiesen. Diese Einbeziehung von Biodiversität in wirtschaftliche Prozesse wird als Biodiversity Mainstreaming bezeichnet.
Da bei Artenschutz- und Management-Maßnahmen in der Regel in den besonderen Wert der Naturdynamik eingegriffen wird, können sich Konflikte zwischen Prozess-, Lebensraum- und Artenschutz ergeben. Daher ist es von entscheidender Bedeutung, sich Klarheit über die Verantwortung zu verschaffen, die der Nationalpark für einen Lebensraumtyp oder eine Art trägt.