Schadstoffe, die über die Flüsse oder Atmosphäre ins Wattenmeer gelangen, werden von Seevögeln mit der Nahrung aufgenommen und im Körper angereichert. Zur Brutzeit gelangen die Schadstoffe in die Vogeleier und finden sich dort in angereicherter Form. Chemische Analysen von Eiern lassen daher Rückschlüsse auf die lokale Schadstoffbelastung im Wattenmeer und ihre zeitlichen Veränderungen zu. Deshalb werden gemeinsam von den Wattenmeer-Anrainerstaaten seit 1998 Vögel im Rahmen des TMAP (Trilateral Monitoring and Assessment Programme) auf das Schwermetall Quecksilber (Hg) sowie auf Organohalogene untersucht, darunter Industriechemikalien (polychlorierte Biphenyle (PCB), Hexachlorbenzol (HCB)) und Insektizide (Hexachlorzyklohexan (HCH), DDT und seine Abbauprodukte). Je Gebiet und Jahr wird jeweils ein Ei aus 10 Gelegen von Flussseeschwalben (Sterna hirundo) und Austernfischern (Haematopus ostralegus) entnommen. Die Entnahmegebiete sind so entlang der Küste verteilt, dass sie die Einträge der Flüsse oder lokale Belastungsschwerpunkte anzeigen können.
Flussseeschwalben sind als Fischfresser stärker belastet als Austernfischer, die von niederen Tieren des Watts leben. Höchstgehalte der meisten Schadstoffe finden sich in Eiern der Flussseeschwalbe vom Elbe-Ästuar und von der Inneren Deutschen Bucht, was die Bedeutung der Elbe für Einträge von Schadstoffen auch heutzutage anzeigt. Mit dem Verlauf der Strömung von Westen nach Nordosten verdünnen sich die eingetragenen Schadstoffe, und die Konzentrationen in den Eiern nehmen bis zum dänischen Wattenmeer wieder ab. Seit Beginn der Untersuchungen haben die Schadstoffgehalte, besonders der Eintrag über die Elbe, abgenommen. Bei Quecksilber dagegen scheint der Eintrag über die Atmosphäre bedeutender zu werden. Heute schwanken die Werte auf relativ niedrigem Niveau, das keine akute Gefährdung des Bruterfolgs befürchten lässt.
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