Zum Benthos zählen hauptsächlich wirbellose Tiere, die im und auf dem Meeresboden leben. Diese Lebensgemeinschaften stellen eine essentielle Nahrungsgrundlage für viele Fisch- und Vogelarten im Wattenmeer dar.
Da die im Meeresboden lebenden Benthosarten relativ standorttreu sind und Störungen und Belastungen nur schwer ausweichen können, werden sie als Indikator für Veränderungen in Ökosystemen ausgewiesen. Aus diesem Grund sind die Lebensräume und Arten des Meeresbodens Zielgrößen für den Erhalt der natürlichen Vielfalt und wesentliche Bewertungselemente für den ökologischen Zustand der Meere in mehreren europäischen Richtlinien und regionalen Meereskonventionen (FFH-Richtlinie, Wasserrahmenrichtlinie (WRRL), Meeresstrategierahmenrichtlinie (MSRL), Oslo-Paris-Konvention (OSPAR)).
Je nach Lebensweise – auf oder im Meeresboden – unterscheidet man zwischen Endofauna und Epifauna. Eine Probenahme der Endofauna erfolgt im Sublitoral mit Bodengreifern (0,1 m² Van Veen Greifer), im Eulitoral mit Stechrohren (10 cm im Durchmesser). Die Untersuchung der Epifauna erfolgt mittels Dredgen oder Baumkurren, die eine bestimmte Zeit über den Meeresboden geschleppt werden.
Das Benthos in den Küstengewässern Schleswig-Holsteins wird jährlich seit 1987 an 6 Sublitoralstationen und auf Helgoland vom Landesamt für Landwirtschaft, Umwelt und ländliche Räume (LLUR) beprobt. Im Eulitoral findet eine Probenahme an 6 Stationen 1-2 Mal pro Jahr statt. Derzeit findet eine Überarbeitung des Benthosmonitorinprogrammes und des Stationsnetzes statt, um die Vorgaben der relevanten Richtlinien und Abkommen zu erfüllen. Die Nationalparkverwaltung Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer beprobt derzeit ein Stationsnetz von 40 Stationen im Sublitoral, welches alle relevanten benthischen Lebensräume der MSRL und besonders geschützten Biotoptypen sowohl nach FFH (Lebensraumtypen Riffe LRT 1170 und Sandbank (LRT 1110) als auch nach nationalem Recht §30 BNatSchG „Kies,-Grobsand- und Schillflächen (KGS)“ Flächen beinhaltet.
Im hamburgischen Wattenmeer erfolgt das Makrozoobenthos-Monitoring seit dem Jahr 2000 jährlich entlang von 6 repräsentativen Watt-Transekten mit jeweils 40 Probenahmestellen.
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