Um sowohl der Natur als auch dem Menschen gerecht zu werden, gibt es viele Ausnahmen und Sonderregelungen für Nationalpark-Nutzer mit Gewohnheitsrechten. So ist die Krabbenfischerei auch in Schutzzone 1 größtenteils erlaubt. Völlig unberührt soll nur das 125 km² große „Nutzungsfreie Gebiet“ zwischen den Inseln Sylt und Föhr bleiben. Westlich von Sylt und Amrum wurde ein Walschutzgebiet eingerichtet, das zur Schutzzone 2 gehört.
Mit Fischern, Reedern, Wassersportvereinen und Gemeinden wurden freiwillige Vereinbarungen geschlossen. Krabbenfischer und Sportboote meiden beispielsweise von Juli bis September die Nebenfahrwasser im südlichen Dithmarscher Wattenmeer, weil die Brandgänse in dieser Zeit dort mausern.
Von den Beschränkungen und Geboten, die zum wirkungsvollen Schutz der Wattenmeer-Natur nötig sind, werden Sie als Gäste der schleswig-holsteinischen Westküste wenig bemerken. Verhalten Sie sich in der Natur einfach so, wie es Ihnen Ihr gesunder Menschenverstand rät. Nehmen Sie alles wieder aus dem Nationalpark mit, was Sie hineingetragen haben.
Angeln, Baden oder Fotografieren sind erlaubt, wenn die Gebiete betreten werden dürfen. Hunde müssen im Nationalpark überall und immer angeleint sein.
Beachten Sie bitte Schilder und Hinweise, die ein besonders geschütztes Gebiet bezeichnen – die stehen da, wo sie stehen, aus gutem Grund. Was in den verschiedenen Zonen des Nationalparks erlaubt und was verboten ist, zeigt die Tabelle.