Die Küstenfischerei ist ein kleiner, aber trotzdem bedeutsamer Wirtschaftszweig an der niedersächsischen Nordseeküste. 140 Kutter gehen auf Fang nach Garnelen, Miesmuscheln und Fischen. In 17 Häfen an der niedersächsischen Küste sind rund 140 Fischereifahrzeuge registriert, davon 100 Krabbenkutter. Die 135 Betriebe haben etwa 400 Beschäftigte.
In den letzten Jahren landeten die Kutter durchschnittlich 14.800 Tonnen Garnelen, Muscheln und Fische an. Speisekrabben machen mehr als die Hälfte des Fangs aus, 3100 Tonnen entfallen auf Miesmuscheln. Die niedersächsische Küstenfischerei erwirtschaftet eine Wertschöpfung von insgesamt knapp 20 Millionen Euro.
Zu den Kutterhäfen an der niedersächsischen Küste gehören Ditzum (Dollart / Emsmündung), Greetsiel, Dornumersiel, Neuharlingersiel, Carolinensiel, Hooksiel, Fedderwardersiel und Dorum-Neufeld.
Einige der Kutter werden während der Plattfischsaison, etwa April bis September/Oktober, ausschließlich auf See zum Fang von Seezungen und Schollen sowie weiteren Plattfischen als Beifang eingesetzt. Die Plattfischbestände in der inneren Deutschen Bucht sind in den letzten Jahren allerdings zurückgegangen.
Die Schiffe fischen mit Grundschleppnetzen (so genannten Baumkurren), wobei nur leichte Scheuchketten eingesetzt werden, mit denen der Meeresboden nicht umgepflügt und andere Fische und Bodentiere verletzt oder getötet werden.
Herzmuscheln werden bereits seit 1992 im Nationalpark nicht mehr befischt. Sie leben unter der Wattoberfläche, weshalb der Boden aufgewühlt werden muss, um sie zu fangen – mit weitreichenden Konsequenzen für alle anderen Wattorganismen.
Drei Fischereibetriebe mit zusammen fünf Kuttern sind auf Miesmuscheln spezialisiert, die ausschließlich im Wattengebiet durchgeführt wird.
Um erhebliche Eingriffe in das Ökosystem Wattenmeer zu vermeiden, erfolgt die Miesmuschelfischerei seit 1999 auf der Grundlage eines Bewirtschaftungsplans, der einvernehmlich vom Niedersächsischen Ministerium für den ländlichen Raum, Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz und vom Umweltministerium für jeweils fünf Jahre aufgestellt wird.
Wildbänke werden seit 1999 nicht mehr befischt, stattdessen legen die Muschelfischer:innen Kulturflächen an. Dort werden junge Muscheln “ausgesät” und später geerntet (Besatzmuschelfischerei). Die Auswirkungen der Besatzmuschelfischerei auf die Stabilität der Muschelbänke werden seit dem Jahr 2000 von der Nationalparkverwaltung wissenschaftlich begleitet.
Die Betriebe bewirtschaften insgesamt 1.300 Hektar Kulturflächen im Wattengebiet, die ihnen jeweils fünf Jahre mit Verlängerungsmöglichkeit zugewiesen werden.